La paleontología es la ciencia encargada de estudiar a los seres vivos que habitaron la Tierra en épocas pasadas, la forma más famosa es el descubrimiento y análisis de fósiles. En el caso del murciélago, es irónico que aunque sea exageradamente abundante, se hayan encontrado escasos fósiles de este animal.
No obstante, existe un lugar donde hace 56 millones de años ( en el Eoceno ) había un lago con gran actividad volcánica. Este se ha convertido en la actualidad en una seca depresión en Alemana llamada Messel. Es importante nombrarla porque además de ser el primer lugar donde habitaron estas criaturas también es un lugar idóneo para la fosilización. En 1917 se comenzaron a clasificar estos animales, y pronto se descubrió que había un murciélago mayoritario en estas zonas. Este formaba ¾ de la población de murciélagos y era pequeño, pesaba aproximadamente 10 gramos y tenía una gran envergadura. El resto de murciélagos eran otras tres especies con características algo distintas, como alas más cualificadas para movimientos rápidos y alcanzar más altitud. Aun así, estos murciélagos poseían alas menos especializadas que los modernos, pero es interesante que sus dedos y garras eran muy semejantes a las que tienen ahora. Además, en la actualidad hay tres familias vivas de murciélagos, las cuales cuentan con 38 dientes iguales a los de sus antecesores. Todo esto nos indica el grado de especialización que tenían estos mamíferos desde sus orígenes.
Por otro lado, es curioso entender cómo se facilitó la conservación de la vida alrededor de este lago de una manera muy peculiar. En primer lugar, el vulcanismo provoca la disminución del nivel de oxígeno en el ambiente, algo esencial para la preservación de estructuras. Además habían pizarras bituminosas muy frágiles en las cuales se sedimentaban los murciélagos al morir. En segundo lugar, hay que resaltar la calidad de los cadáveres que alcanzaban los fondos del lago, ya que este emitía gases capaces de paralizarlos durante el vuelo y también contaba con algas muy densas en las que era fácil quedarse atrapado. De ese modo se pueden encontrar los contornos de su pelaje, orejas, alas y contenidos estomacales en las mejores condiciones. Y analizando sus intestinos y dientes se descubrió automáticamente su dieta insectívora de polillas. En fin, estos son los factores que hacen a Messel un lugar excepcional para la paleontología, aunque claro está se pueden encontrar restos de murciélagos por todo el mundo excepto en la Antártida. De todos modos datar y reconstruir una historia evolutiva adecuada habría sido imposible sin esta maravilla geológica.