Los murciélagos eligen la zona dependiendo de la provisión de alimentos de la región, la disponibilidad de refugio o dormidero y que tenga de la temperatura adecuada para sus necesidades fisiológicas. Prefieren los bosques tropicales y templados, aunque también podemos encontrarlos en desiertos, campos abiertos, sabanas, praderas, matorrales, zonas montañosas, pantanos chaparrales y sitios urbanos y suburbanos.
La mayoría de los quirópteros usa cuevas, grietas, árboles, troncos y otros lugares huecos y húmedos para descansar e hibernar. Tampoco son raros los murciélagos que habitan en los resquicios de las casa humanas. Cabe mencionar que los refugios de los murciélagos suelen cambiar en función de la estación o la época en que estén. Un murciélago puede descansar o cuidar a su cría en una cueva húmeda durante el día y posarse sobre un árbol durante la noche o encontrarse cerca de zonas con agua, donde los insectos acuáticos son abundantes.
En la zonas templadas, los murciélagos acuden a las cuevas para dar a luz y cuidar a sus crías en verano y para hibernar en invierno. Pero las especies de los trópicos no suelen hibernar, por lo que las cuevas son utilizadas para otros propósitos como el descanso.
En resumen, la ocupación de un hábitat depende de la especie, la época del año, la actividad específica y los requerimientos de supervivencia.
