Los quirópteros están distribuidos en la mayoría de las regiones del planeta, con excepción de algunas islas oceánicas muy aisladas y los polos o las zonas más frías de los hemisferios. Las regiones más habitadas por ellos son las tropicales y las templadas, pero conforman uno de los grupos de mamíferos más ampliamente distribuidos.
La existencia de murciélagos se ha dividido típicamente en dos grandes grupos: los del Viejo Mundo y los del Nuevo Mundo. Los primeros se localizan en países que pertenecen a Europa, Asia y África, mientras que los segundos son nativos del continente americano.
Existen numerosas especies en las zonas cercanas al ecuador, precisamente por los climas tropicales o templados, además de la abundancia de alimento que se puede encontrar, insectos, pequeños animales, frutas, néctar, etc. Pero hay tantas localizaciones como especie de murciélagos. Algunos tipos son más numerosos, y por ello abarcan varios países, como es el caso del murciélago ribereño, que se localiza desde Portugal, Irlanda y Noruega hasta Corea y Japón, a través de Europa y el norte asiático, ocupando más de 50 países. Por el contrario, el murciélago de nariz de cerdo de Kitti prospera en una pocas cuevas de Tailandia y Birmania.
Unas 120 especies ocupan el norte de Sudamérica, y alrededor de 45 viven en Norteamérica. Existen cerca de 60 en la región central de África y otras 60 aproximadamente en Australia. Alrededor de 100 especies se localizan en el sureste asiático. Unas 175 en Indonesia, 154 en Venezuela, 137 en México, 7 en Irlanda y 16 en Gran Bretaña. El número total de especies de murciélagos en Europa es de unas 30. El resto de especies prospera en otras zonas y en algunas islas, y por lo general son endémicas, es decir, no viven en otras zonas. Nueva Zelanda y Madagascar son dos de las islas más grandes que contienen especies de quirópteros, pero Madagascar al estar más cerca a los trópicos alberga unas 28 especies mientras que Nueva Zelanda únicamente 2.
